Saint Thomas de Cantorbéry, primat d’Angleterre et martyr, est le patron de l’église. La raison qui a poussé Hervé 1er de Léon à construire vers 1200 ce sanctuaire à Landerneau, capitale de sa nouvelle seigneurie, et à le dédier à un saint martyr tout récemment canonisé, est probablement à rechercher dans les événements historiques survenus à l’époque.
En 1167, son père, Guyomarch IV, vicomte de Léon, est battu par le roi Henri II d’Angleterre lors de l’ingérence de ce dernier dans les affaires du duché de Bretagne, ingérence qui ne cessera qu’en 1197. En 1170, ce même roi fait assassiner Thomas Beckett, archevêque de Cantorbéry, opposant à sa politique de mainmise sur la vie religieuse de l’Angleterre. Celui-ci sera canonisé dés 1173 en tant que martyr.
Symboliquement, le choix de ce saint patron, mis à mort par le roi anglais pour la liberté, reflète la volonté du nouveau seigneur de Léon de s’affirmer et d’affirmer son indépendance vis à vis des velléités de domination anglaise. Peut-être entendait-il aussi laver l’affront que son père avait subi lors de sa défaite de 1167 ?
Le nouveau sanctuaire, mentionné dés 1218, sera offert à l’abbaye de Daoulas, fondée par Guyomarch IV en 1173 et dont il deviendra un prieuré. C’est pourquoi les curés de Saint-Thomas prendront le titre de Prieur-Recteur.