Les trois autels orientaux de l’église forment un ensemble éblouissant destiné à émerveiller le fidèle. Nous avons ici un bel exemple de la théâtralisation de l’espace sacré par le Baroque. Comme le faisait remarquer Louis Le Guennec, « le chœur et l’abside disparaissent absolument sous la profusion des détails des autels et des panneaux aux riches sculptures polychromes sur lequelles l’or largement répandu étale ses chatoyances. »
 
 

Le chœur

 
Le maître-autel est tardif. Il a été réalisé en 1876, selon le projet dessiné par le chanoine et historien Jean-Marie Abgrall, natif de Lampaul-Guimiliau. L’antépendium est orné de médaillons et de vases de fleurs sur des cuirs, séparés par des colonnettes torses. Sur la porte du tabernacle est représenté un agneau pascal et de chaque côté un bas-relief : à gauche, Melchisédech offrant le pain et le vin, à droite, l’Ange réconfortant le prophète Elie au désert. Cet autel s’intègre bien au style baroque des autels latéraux du XVIIe siècle.
 
 
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Les trois vitraux du chevet sont d’Hubert de Sainte-Marie (1968). Dans la verrière centrale, on reconnaît des scènes de la Passion et de la Résurrection (haut des lancettes). Sur le vitrail nord : en bas des récits de la Genèse et de l’Exode (la création d’Eve, Adam et Eve tentés, puis chassés de l’Eden…) ; en haut, la Nativité. Dans le vitrail sud : des scènes du Nouveau Testament (Transfiguration, Pentecôte…) ; plus haut : les premiers chrétiens, les persécutions ; et enfin l’Eglise universelle.

Trois statues sont présentes dans le chœur : un Christ aux liens en bois polychrome (fin du XVIe siècle), à gauche, l’apôtre saint Paul et son épée et, à droite, saint Pierre tenant sa clé. Les médaillons en bas-relief sous les apôtres représentent les vertus théologales, le pélican se saignant pour nourrir ses petits, le martyre de saint Pierre.
 
< Le martyre de saint Pierre
 
 
 

Le retable de la Passion (côté nord du chœur)

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Quatre colonnes torses délimitent la partie centrale où figurent les scènes de la Passion. René Couffon pense que cette partie en haut-relief pourrait être un travail anversois du XVIe siècle, de l’atelier de Robert Moreau, qui fut incorporé dans le retable du XVIIe siècle.


 
 
Les scènes représentées sont les suivantes :

1. La cène et le lavement des pieds
2. L’arrestation
3. Les outrages
4. Le portement de croix
5. La crucifixion
6. La descente de la croix
7. La mise au tombeau
 
 
Dans le couronnement du retable : le Christ ressuscité entre des anges orants et musicens. Au-dessous : la colombe du Saint-Esprit, elle aussi entourée d’anges.
Dans les ailes, au nord un évêque (saint Paul Aurélien ?) et un bas-relief de la nativité de la Vierge. Au sud, la statue de saint Miliau en habits ducaux et en bas-relief la scène de son martyre.

 
 

Le retable de saint Jean-Baptiste (côté sud du chœur)


Avec ses quatre colonnes torses, il offre un plan similaire à celui de la Passion. Dans le meuble central, en bas-reliefs :