Selon le cartulaire de Landévennec, au Xe siècle, le comte Even aurait donné le tref de Lann Uuivret, avec ses revenus et ses dépendances à saint Guénolé, c’est-à-dire à l’abbaye de Landévennec.
Le chanoine Jean-Marie Guéguen – recteur de Lanneuffret de 1919 à 1925 – a relevé les indices de la présence des bénédictins de Landévennec en s’appuyant sur la toponymie locale : Keramanac’h (demeure du moine), ar C’hloastr (le cloître), ar Prioldi (le prieuré).
Lanneuffret était englobée dans la paroisse de Plounéventer, comme Saint-Servais et Saint-Derrien.
L’église a été construite dans le dernier quart du XVIe siècle (la date de 1585 est inscrite dans le porche). Durant les guerres de la Ligue, en 1594, l’église fut pillée par les troupes d’Yves du Liscouët.
Avec une surface de 224 ha et une population de 160 habitants, Lanneuffret est l’une des plus petites communes du Finistère. A la veille de la Révolution, la trève comptait à peine 200 âmes, mais 8 kanndi ont été recensés. Cette activité linière a permis à la majorité des familles d’être classées comme "aisées". Mais en raison du faible nombre d’habitants, la cure de Lanneuffret est l’une des plus pauvres du diocèse et il sera souvent question de rattacher la trève à Plounéventer. Néanmoins, Lanneuffret conservera son autonomie et deviendra paroisse en 1845.