Le chœur et les transepts sont entièrement meublés d’un ensemble de retables et de panneaux sculptés polychromes qui illustrent de façon théâtrale la richesse et la profusion d’une décoration baroque de la fin du XVIIe siècle.
Sous les fenêtres latérales, deux panneaux sont consacrés aux deux faits marquants des débuts de la vie de saint Mélar. Deux fausses niches abritent, côté épître, saint Paul, côté de évangile, saint Pierre. De ce même côté, trois médaillons en bas-relief représentent les Vertus théologales : la Foi, tenant le feu, l’Espérance, une couronne de feuillage vert, la Charité, allaitant un enfant.
Le retable du chœur
Le retable du maître-autel occupe le fond du chœur. Sa réalisation paraît, sauf pour la partie centrale, être due au travail de Guillaume Lerrel (1657-1715) vers 1700. Il est encadré par deux fenêtres gothiques latérales dont l’une conserve une verrière du XIXe siècle du verrier de Morlaix, Nicolas.
Celle-ci évoque la vie de la Vierge. Un retable central à colonnettes torses sculptées de pampres et de raisins décrit les scènes de la Passion : l’agonie, Ecce Homo, le couronnement d’épines, le portement de croix. Sur la porte du tabernacle, le sacrifice d’Abraham préfigure la Crucifixion.
Au dessus, un entablement raconte la mort de Mélar. Kerioltan tranche la tête du martyr et la jette dans un sac. Sur les côtés, on a représenté le châtiment des criminels : Justin se fracasse la tête de s’être jeté d’une fenêtre, Kerioltan perd ses yeux qui jaillissent de ses orbites. Une épaisse guirlande de fleurs à laquelle s’agrippent des angelots encadre la scène.
Un entablement bleu et or porte sur les côtés des médaillons présentés par des anges. Au centre, une ronde de cariatides porte un dôme doré peu élevé qui soutient l’Ascension d’un Christ glorieux ornée d’une guirlande de fleurs tenue par des angelots. Plus haut, une niche abrite un Christ et plus haut encore, c’est Dieu le Père entouré aussi d’angelots et de fleurs.
De part et d’autre de ce retable se déploie une composition séparée par des colonnes cannelées au fût de teinte rouge, rehaussé d’or et entouré d’une fine guirlande de feuillage vert. Sous ces colonnes à chapiteaux corinthiens, les piédestaux sont ornés d’angelots et de fleurs. Deux médaillons relatent deux épisodes de la vie de Mélar : dans l’un, l’oncle Rivod offre une bourse d’or à deux serviteurs pour empoisonner le fils de Miliau ; dans l’autre, on présente la coupe empoisonnée au jeune prince.
À l’aplomb des colonnes, d’autres anges présentent d’autres médaillons près de vases ornés de draperies. Dans les deux niches latérales encadrées de ces colonnes se tient, à gauche, saint Mélar avec dans une main, la palme du martyre et dans l’autre une prothèse rappelant le miracle ; à droite, une Vierge à l’Enfant.
Le retable de l’Assomption
Il occupe le transept nord. L’avant dernier des mystères glorieux du Rosaire est le sujet du tableau de la partie centrale. Autour d’un tombeau vide dont la dalle est posée à terre, avec un suaire étendu au bord de l’angle, se sont regroupés les douze Apôtres. Saint Pierre, reconnaissable aux clés qui gisent à ses pieds, montre le tombeau. Un autre esquisse un geste d’étonnement.
Là-haut, entourée d’angelots, assise dans une nuée, la Vierge Marie s’élève dans une attitude de ravissement.
On estime que l’auteur, Pierre Claude Cléran de Morlaix s’est inspiré en 1715 d’une estampe d’après un tableau du peintre Laurent de La Hyre (1606-1656) pour le groupe des Apôtres, d’une gravure d’après le peintre italien Carlo Maratta (1625-1713) pour le groupe de la Vierge. Ce même peintre serait aussi l’auteur des devants d’autel des deux retables latéraux.
Le retable de saint Hervé
Dans le transept sud, celui-ci présente la même disposition générale que celui du nord. Sur les rampants des frontons arrondis saint Luc et saint Marc équilibrent saint Mathieu et saint Jean. Les mêmes colonnes torses, les mêmes panneaux encadrent le tableau central, pendant que la statue de saint Hervé dans la niche centrale a pour équivalent celle de Marie.
Cependant, le tableau est ici très différent. A un certain académisme répond une inspiration beaucoup plus locale. Dans la scène centrale, le saint aveugle est conduit par son guide Guic’haran et accompagné du loup de la légende rendu doux comme un agneau. Le Père Éternel plane dans le ciel.
Dans une orthographe originale, quatre médaillons décrivent chacun un épisode de la vie du saint du Méné Bré comme une série en bande dessinée.